Михаил Витальевич Шкаровский родился 16 августа 1961 года в Ленинграде в семье военнослужащего. В 1984 году закончил исторический факультет Ленинградского государственного университета, в 1990 году — аспирантуру Ленинградского отделения Института истории СССР Академии Наук СССР.
В мае 1991 года защитил кандидатскую диссертацию по теме: «Формирование трудовых коллективов в государственной промышленности СССР, на материалах Ленинграда в 1921-1927 гг.». В 1996 году защитил докторскую диссертацию по теме: «Русская Православная Церковь и религиозная политика советского государства в 1939-1964 гг.».