Храм святителя Николая 3-го лейб-гвардии Его Величества стрелкового полка был заложен в 1897 году при полковом манеже. Храм был отделен от остального помещения раздвижной перегородкой. Со стороны Казанской улицы над воротами находилась звонница с главкой.
Храм был освящен 25 января (6 февраля) 1898 года протопресвитером Александром Желобовским при участии протоиерея Иоанна Сергиева (святого праведного Иоанна Кронштадтского) в присутствии наследника цесаревича Николая Александровича (позже - святого страстотерпца государя императора Николая Александровича).
Храм был закрыт 27 мая 1922 года. Здание использовалось для спортивных целей: одно время в нем был каток с искусственным льдом, в 1990-е - фитнес-клуб "Планета фитнес".
Храм был передан епархии 18 декабря 2015 года, в день памяти святителя Николая. А 19 января 2016 года была
совершена первая за несколько десятилетий Божественная литургия.