Владыка был арестован еще 31 мая 1922 года. 10 июня в помещении зала Государственной филармонии на Михайловской ул., д.2, начался судебный процесс. Подсудимых было 86 человек, в том числе профессора богословия, священники, миряне. 5 июля трибунал вынес свой приговор: 10 человек – к расстрелу, большую часть – к тюремному заключению, случайные подсудимые (22 чел.) были оправданы. Затем шестерых из приговоренных к смертной казни помиловал ВЦИК, а четверо (митрополит Вениамин, архимандрит Сергий (Шеин) – секретарь Поместного Собора в 1917-1918гг., председатель правления Общества православных приходов Ю.П. Новицкий и юрисконсульт Александро-Невской Лавры И.М. Ковшаров) были расстреляны в ночь с 12 на 13 августа.