Будущий священник родился 18 ноября 1940 года в Ленинграде в верующей семье. Отец, Михаил Гундяев (1907-1974), после войны принял священный сан, мать, Раиса Гундяева (в девичестве Кучина; 1909-1984) - преподаватель немецкого языка в школе, в последние годы домохозяйка, дед - иерей Василий Гундяев (1879-1969), младший брат - Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл, младшая сестра - проректор по культуре
СПбДА Елена Гундяева. Был женат, сын
Михаил стал священником.
В годы Великой Отечественной войны Николай с матерью жил в блокадном Ленинграде. В 1963 году закончил Ленинградскую духовную семинарию, в 1967-м - Ленинградскую духовную академию со степенью кандидата богословия, был оставлен в академии в качестве профессорского стипендиата. С 1972 года - доцент, с 1975-го - профессор духовной академии. До 2004 года преподавал патрологию.
Был рукоположен
митрополитом Ленинградским и Новгородским Никодимом (Ротовым) в 1966 году во диакона, в 1967-м - во пресвитера. В 1971-м удостоился сана протоиерея.
В 1970-х годах - секретарь комиссии Священного Синода по вопросам христианского единства и межцерковных сношений, заместитель председателя ОВЦС, консультант ОВЦС, заведующий аспирантурой МДА.
В 1977-1986 годах - настоятель Спасо-Преображенского собора в Ленинграде. В 1986-1987-м - ректор ЛДА. В 1987-м вновь был назначен настоятелем Спасо-Преображенского собора. С 2014 года - почетный настоятель.
После тяжелой продолжительной болезни 30 декабря 2021 года на 82-м году жизни протоиерей Николай Гундяев
отошел ко Господу.