Родился 15 октября 1929 г. в д. Фролово Кораблинского района Рязанской области. По окончании средней школы поступил в Рязанский педагогический институт на факультет естествознания.

19 августа 1947 г. архиепископом Ярославским и Ростовским Димитрием (Градусовым) пострижен в монашество и рукоположен в сан иеродиакона с причислением к ярославскому архиерейскому дому.

20 ноября 1949 г. архиепископом Димитрием рукоположен в сан иеромонаха и назначен настоятелем храма Рождества Христова в с. Давыдово Ярославской области. Позже некоторое время состоял вторым священником Покровского храма в г. Переславле-Залесском, а затем 7 августа 1950 г. назначен настоятелем храма святого царевича Димитрия в г. Угличе и благочинным Угличского округа.

В том же году поступил на заочный сектор Ленинградской духовной семинарии, по окончании которой поступил в Ленинградскую духовную академию.

В январе 1952 г. назначен клириком Ярославского кафедрального собора и секретарем архиепископа Ярославского и Ростовского, затем ключарем собора, а с декабря 1954 г. — исполняющим обязанности настоятеля.

В 1955 г. окончил Ленинградскую духовную академию со степенью кандидата богословия.

25 февраля 1956 г. назначен членом Русской духовной миссии в Иерусалиме, а затем заместителем начальника Миссии.

31 марта 1957 г. митрополитом Крутицким и Коломенским Николаем возведен в сан игумена, а 25 сентября того же года назначен начальником Русской духовной миссии в Иерусалиме с возведением в сан архимандрита. Возведение в сан архимандрита было совершено (по просьбе Святейшего Патриарха Алексия I) митрополитом Назаретским и всей Галилеи Исидором.

В марте 1959 г. назначен заведующим канцелярией Московской Патриархии.

4 июня того же года стал заместителем председателя Отдела внешних церковных сношений.

10 июля 1960 г. в Троицком соборе Свято-Троицкой Сергиевой лавры хиротонисан во епископа Подольского, викария Московской епархии, с назначением председателем Отдела внешних церковных сношений. Хиротонию совершали Святейший Патриарх Алексий I, митрополит гор Ливанских Илия, епископы Сергиопольский Василий, Дмитровский Пимен, Можайский Стефан.

Как председатель ОВЦС епископ Никодим вступил в управление приходами Русской Православной Церкви в Венгрии, Финляндии и Японии.

28 августа 1960 г. назначен членом Комиссии по межхристианским связям, а с 19 сентября руководил Издательским отделом Московской Патриархии. Назначен председателем редакционной коллегии сборника «Богословские труды».

С 23 ноября 1960 г. — епископ Ярославский и Ростовский.

16 марта 1961 г. стал постоянным членом Священного Синода.

10 июня 1961 г. возведен в сан архиепископа.

11 мая 1963 г. награжден правом ношения креста на клобуке. Избран почетным членом Московской духовной академии.

3 июля 1963 г. назначен председателем Комиссии Священного Синода по вопросам христианского единства.

3 августа того же года возведен в сан митрополита, назначен на Минскую и Белорусскую кафедру, а 9 октября становится митрополитом Ленинградским и Ладожским.

7 октября 1967 г. назначен управляющим Новгородской епархией с титулом «Ленинградский и Новгородский».

В 1968 г. во главе делегации Русской Православной Церкви присутствовал на IV Ассамблее Всемирного совета церквей в Упсале (Швеция) и избран в состав Центрального комитета ВСЦ; в том же году избран на пост председателя Комитета продолжения работ ХМК.

Возглавлял делегации Русской Православной Церкви на четырех Всеправославных совещаниях — в 1961, 1963, 1964 и 1968 гг.

20 марта 1969 г. назначен представителем от Московского Патриархата в Межправославную подготовительную комиссию Святого Всеправославного Собора и утвержден председателем Комиссии Священного Синода по вопросам христианского единства.

В 1970 г. поручено временное управление Патриаршими приходами Северной и Южной Америки. В том же году удостоен права ношения двух панагий; также присуждена ученая степень магистра богословия.

25 июня 1970 г. назначен членом Комиссии Священного Синода для подготовки Поместного Собора Русской Православной Церкви.

30 мая 1972 г. согласно прошению освобожден от должности председателя Отдела внешних церковных сношений в связи с перенесенной тяжелой болезнью. При этом был оставлен председателем Комиссии Священного Синода по вопросам христианского единства; также было поручено архипастырское окормление находящихся в Финляндии приходов, которые относятся к ведению Московского Патриархата. 3 сентября назначен Патриаршим экзархом Западной Европы.

24-25 октября в связи с 20-летием Христианской богословской академии в Варшаве Сенат и Совет академии присудили митрополиту Никодиму почетную степень доктора богословия honoris causa за большие заслуги в области экуменической и миротворческой деятельности.

С 23 ноября по 10 декабря 1975 г. возглавил делегацию Русской Православной Церкви на V Генеральной ассамблее ВСЦ в Найроби и был избран президентом Всемирного совета церквей.

Заслуги Высокопреосвященнейшего Никодима перед Русской Православной Церковью были отмечены многими наградами, в том числе орденом святого равноапостольного князя Владимира (I, II, и III ст.); он был удостоен права ношения второй панагии и права служения с предносным крестом. Кроме того, он был награжден многими орденами Поместных Православных Церквей и других церквей, а также государственными орденами ряда стран: Греции (орденом Феникса), Ливана (орденом Ливанского Кедра), Югославии (орденом Югославского знамени).

Был почетным членом Ленинградской и Московской духовных академий. Входил в правление Союза Советских обществ дружбы и культурных связей с зарубежными странами и правление Советской ассоциации дружбы с народами Африки.

Митрополит Никодим скончался от сердечного приступа 5 сентября 1978 г. в Ватикане, куда прибыл по поручению Священного Синода во главе делегации Русской Православной Церкви.

Отпевание состоялось 10 сентября 1978 г. в Свято-Троицком соборе Александро-Невской лавры. Отпевание по монашескому чину совершили Святейший Патриарх Пимен, Блаженнейший Митрополит Пражский и всей Чехословакии Дорофей, Архиепископ Карельский и всей Финляндии Павел в сослужении постоянных членов Священного Синода Русской Православной Церкви: митрополита Киевского и Галицкого Филарета, митрополита Таллинского и Эстонского Алексия и митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, митрополита Минского и Белорусского Антония, временно управляющего Ленинградской епархией, других прибывших проститься с почившим митрополитов, архиепископов и епископов, многочисленного духовенства.

Похоронен митрополит Никодим на Никольском кладбище Свято-Троицкой Александро-Невской лавры.