Часовня в Детской городской клинической больнице № 5 имени Нила Филатова была открыта около 2005 года. В 2013 году часовне предоставили более просторное помещение на первом этаже больницы.
По благословлению митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского Варсонофия настоятелем храма 2 февраля 2015 года был назначен протоиерей Артемий Белобородов. При храме было образовано сестричество. Основное предназначение сестер милосердия - ухаживать за больными и нести Слово Божие людям. Они собираются в храме на служение молебнов, чтение акафистов и Псалтири. На праздники Рождества Христова и на Пасху сестры милосердия совершают крестные ходы по больнице, поздравляют детей, дарят подарки. Раз в неделю ходят на отделения проповедовать и беседовать с детьми о тайнах Царствия Небесного. Помимо этого сестричество окормляет
расположенный неподалеку детский дом.
18 декабря 2015 года часовня была
освящена малым чином и получила статус храма.