Строительство церкви в Малой Коломне было посвящено двум событиям: избавление в 1832 году от эпидемии холеры и в честь рождения великого князя Михаила (младшего сына императора Николая I).
Главным инициатором строительства стал сенатор И. С. Горголи, он руководил созданием Строительного комитета, в который вошли видные государственные деятели и именитые купцы. В конце 1843 Император разрешил возведение церкви и вначале была сооружена деревянная часовня, освященная 10 марта 1846 года. Затем появилась временная деревянная Рождественская церковь, вмещавшая 1000 человек. Она была освящена 22 февраля 1846 года и была разобрана в 1861 году.
Постоянная церковь представляла собой двухэтажное каменное здание, возведеное в русско-византийском стиле, вмещавшее 1500 человек.
Первоначальный проект храма был выполнен архитектором А. И. Шевцовым, однако Николай I потребовал изменить вид церкви, что и было сделано Н. Е. Ефимовым.
Церковь была заложена 12 октября 1847 года. Строительство вынуждены были вести на сваях, поскольку грунты на бывшем Козьем Болоте были достаточно сложными. Руководили строительством А. И. Шевцов, В. Ф. Небольсин и, с 1850 года, — Ф. И. Руска.
В 1851 году здание было готово, но отделка, которой занимался ученик Тона К. Я. Маевский, — затянулась.
Главный придел верхнего храма был освящён митрополитом Санкт-Петербургским Григорием 28 февраля 1859 года, Тихвинский (правый) — 4 октября 1859 года и Михайловский (левый) — 8 ноября 1861 года. Собственно по Михайловскому приделу церковь и получила своё неофициальное название.
Резные сосновые иконостасы верхнего храма были выполнены охтинским резчиком П. М. Алексеевым, иконы главного придела — В. Н. Бовиным и К. С. Осокиным, роспись купола — также К. С. Осокиным, лепка — С. И. Муратовым.
Главным почитаемым местом храма являлась устроенная в крипте церковь во имя Рождества Христова, которая являлась точной копией Вифлеемской церкви Храма Гроба Господня. Она была закончена архитектором С. В. Садовниковым в 1870 году. Часовня в точности воспроизводила Вифлеемский Вертеп в Святой Земле, как формой, так и размерами[1]. К её стене были приделаны мраморные ясли с Младенцем Иисусом. Каждую пятницу здесь совершался акафист Рождеству Христову.
В 1895—1897 годах створе Торговой улицы на средства вдовы купца Фомина П. А. Фоминой была выстроена каменная часовня, сменившая первоначальную деревянную (архитектор И. М. Гольмдорф).
Приход активно занимался благотворительной деятельностью: «Женская богадельня Александры Калитиной» и «Общество вспоможения бедным» были на церковном попечении. Казначеем Общества был Александр Андреевич Сомов - брат известного художника Константина Сомова.
Церковь была снесена в 1932 году; на площади был разбит сквер.
Существуют предположения, что нижняя церковь в 1932 году была засыпана и, возможно, сохранилась до наших дней[2]. Планируется провести исследования и раскопки[3]. На месте разрушенного храма Воскресения Христова 21 июня 2009 года прошла церемония установления Поклонного креста