Церковь Благовещения Пресвятой Богородицы была построена в конце XIX века и входила в подворье Старо-Афонского Андреевского скита. Оно включало Благовещенскую церковь, флигель для монахов, сторожку и ограду. Основной храм был построен в 1891-1893 годах по проекту Николая Никонова.
В 1930-е его перестроили, сбив купола и украшения и не тронув остальные постройки. В здании располагался Центральный государственный архив научно-технической документации.
В 2000 году Русской Православной Церкви в безвозмездное пользование была передана часовня, а в 2015 году Санкт-Петербургской епархии было передано основное храмовое здание.
8 ноября 2016 года митрополит Варсонофий
освятил Благовещенский храм