Модест Борисович родился в 1929 году в Вышнем Волочке в семье диакона. Родители его были репрессированы за то, что пытались отстоять храм. В их отсутствие его воспитывала монахиня.
Окончив семилетку, служил в художественной мастерской. Несмотря на царившее в СССР официальное безбожие, пошел по стопам отца - окончил в Ленинграде семинарию, затем
духовную академию. В сан диакона и сан иерея был посвящен в 1952 году.
"Жизненный путь отца Модеста был нелегок. Он потерял троих детей, а в последние годы был вдовцом. Сполна испытав человеческое горе, он мог в скорбях и страданиях утешить других. Этим он стяжал любовь духовных чад", - рассказал корреспонденту "Воды живой" настоятель
Князь-Владимирского храма протоиерей Димитрий Дашевский.
Служение у алтаря Божия отец Модест начал в
Александро-Невском храме Красного Села. Был назначен вторым священником в Князь-Владимирский храм поселка Лисий Нос, затем служил в
Димитриевской церкви в Коломягах,
Александро-Невской церкви в Шувалове, а в 1973 году вернулся в храм Лисьего Носа, где и прошла большая часть его жизненного пути.
В 2006 году отец Модест написал прошение о переводе за штат в связи с перенесенным инсультом и присвоением ему группы инвалидности с правом совершения богослужений и треб.
После тяжелой продолжительной болезни утром 28 ноября 2011 года на 82-м году жизни один из старейших клириков Санкт-Петербургской епархии протоиерей Модест Малышев мирно отошел ко Господу. Более полувека он посвятил избранному им пути священнослужителя.