Свое пастырское служение в 1946—48 годах отец Иоанн проходил во Пскове настоятелем Казанской церкви, и. о. настоятеля Свято-Троицкого собора, а также в должности и. о. благочинного Псковского округа. Резолюцией Высокопреосвященнейшего Григория (Чукова), Митрополита Ленинградского и Новгородского, отец Иоанн в июле 1948 года был переведен настоятелем Петропавловской церкви в городе Валдай Новгородской области, в которой, не считая вынужденного перерыва с 24 апреля 1953 года по 15 декабря 1955 года, прослужил по декабрь 1959 года. Длительное время о. Иоанн исполнял обязанности благочинного Боровического и Старорусского благочиннических округов Новгородской и Ленинградской епархий и за ревностное служение был удостоен церковных наград.
Его Высокопреосвященство Сергий, епископ Новгородский и Старорусский, писал в характеристике 1959 года, что «протоиерей Иоанн Преображенский — весьма умный и образованный пастырь, обладает административным опытом в церковной деятельности и любим паствой». Однако, несмотря на это, отцу Иоанну вновь пришлось испытать на себе «дыхание времени» и искать место в другой епархии — до января 1964 года он был настоятелем Сергиевской церкви в пос. Старая Вичуга и благочинным Вичугского округа Ивановской епархии.
С этого срока и до конца жизни пастырское служение отца Иоанна проходило в различных храмах Ленинграда и его пригородов: он был настоятелем Никольской Большеохтинской церкви Ленинграда, настоятелем Павловского собора г. Гатчины, штатным священником Николо-Богоявленского кафедрального собора и Свято-Троицкого собора Александро-Невской Лавры г. Ленинграда. Длительное время он был членом Епархиального Совета Ленинградской Митрополии, благочинным церквей III (Лужского) округа, был удостоин многих церковных наград — митры, права ношения двух крестов с украшениями и права служения Божественной литургии с отверстыми царскими вратами до «Отче наш», некоторыми медалями и орденами Русской Православной Церкви.
15/2/ января 1991 года, в день памяти преп. Серафима Саровского, отец Иоанн совершил последнюю Божественную литургию в Свято-Троицком соборе Александро-Невской Лавры, у мощей преподобного. Спустя несколько дней, почувствовав себя плохо, о. Иоанн лег в больницу в г. Гатчине, где накануне кончины его исповедовал и причастил Святых Христовых Тайн его сын, протоиерей Николай Преображенский.
29 января 1991 года протоиерей Иоанн Преображенский, один из старейших клириков Ленинградской епархии, отошёл ко Господу.
1 февраля 1991 года чин отпевания в храме Покрова Божией Матери в Мариенбурге совершил архиепископ Никон (Фомичев) в сослужении клириков епархии. Святейший Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II прислал телеграмму с выражением соболезнования наместнику Свято-Троицкого собора Александро-Невской Лавры, прихожанам, родным и близким почившего.
Погребен протоиерей Иоанн Преображенский за алтарем Покровского храма в Мариенбурге, неподалеку от его места жительства.
Господь да упокоит душу усопшего протоиерея Иоанна в селениях праведных. Вечная ему память!
Источник: Санкт-Петербургские Епархиальные Ведомости. Выпуск 1-2/1991, Стр. 36-37