Родился отец Алексий 1 февраля 1963 года в г. Печоры Псковской области в семье священника. Дед отца Алексия 50 лет был регентом в Псково-Печерском монастыре и похоронен в пещерах монастыря. До поступления в клир будущий протодиакон учился в медицинском училище, затем служил в вооруженных силах, потом учился в Московской Духовной Семинарии.
14 октября 1988 года был рукоположен в сан диакона архиепископом Куйбышевским и Сызранским Иоанном (Снычевым) с назначением диаконом Покровского кафедрального собора г. Куйбышева. 1 августа 1990 года диакон Алексий был переведен в Ленинградскую епархию, и с 20 августа 1990 года указом митрополита Ленинградского и Новгородского Иоанна назначен протодиаконом Николо-Богоявленского кафедрального собора г. Ленинграда.
16 февраля 1998 года протодиакон Алексий назначен на должность епархиального протодиакона.
В ночь со 2 на 3 сентября 2005 года епархиальный протодиакон Алексий Иванович Васильев скончался от сердечного приступа.
Помимо двойного ораря и камилавки, отец Алексий награжден орденом святого князя Владимира III степени (1998 год), патриаршей грамотой (2003 год) и медалью в честь 300-летия Санкт-Петербурга (2003 год).