Будущий священник родился в 1949 году в Ленинграде, где после школы окончил ПТУ. Служил в армии. Решив посвятить жизнь Богу, с 1971 года стал ризничным Спасо-Преображенского собора, затем - псаломщиком Никольской церкви поселка Саблино.
В 1977-м был рукоположен во диакона и в том же году - во пресвитера - епископом Ставропольским и Бакаинским Антонием.
Нес послушания настоятеля в сельских храмах Ленобласти, штатного священника
Петропавловского собора Петергофа и
храма великомученика Димитрия Солунского в Коломягах, настоятеля
храма святого Александра Невского в Шувалове. С 2011 года был настоятелем храма праведного Иоанна Кронштадтского в центре духовного возрождения.
Пастырские труды отца Владимира были отмечены церковными наградами, в том числе патриаршей грамотой и орденом преподобного Сергия Радонежского III степени.
19 января 2021 года после онкологической болезни на 72-м году жизни протоиерей Владимир Фортунатов
отошел ко Господу.