Расположен в здании Двенадцати коллегий. Освящен в престольный праздник 12 июля 1837 епископом Псковским Нафанаилом во имя свв. апостолов Петра и Павла как небесных покровителей Санкт-Петербурга (по личному указанию Императора Николая I).
Закрыт в 1919. В 1990 инициативная группа верующих (акад. Д. С. Лихачев, Л. Н. Гумилев, акад. Панченко и др.) подняли вопрос о возрождении университетского храма. В 1996 возобновлены регулярные богослужения. Памятник культуры федерального значения.