Домовый храм во имя апостолов Петра и Павла при Обуховской женской больнице после перестройки здания на углу Загородного проспекта и Введенского канала в 1836-1840 годы по распоряжению императора Николая I был размещен в угловой части здания, под куполом, над главной лестницей. Работу поручили архитектору Александру Андрееву.
Храм был освящен 21 ноября (3 декабря) 1840 протоиереем Тимофеем Никольским, клириком Никольского собора. Позднее на крыше появилась деревянная звонница.
Когда отмечалось 50-летие женской больницы, на парадной лестнице 29 июня 1892 установили мраморный бюст Николая I работы академика Николая Лаверецкого.
Храм был закрыт 26 августа 1919 года и 7 января 1924 года ликвидирован. Ныне в помещении церкви - одна из аудиторий Военно-медицинской академии.