Построен по проекту арх. А. Н. Бенуа при Императорском клиническом повивально-гинекологическом институте и освящен (как часовня) при его открытии в 1904. В разные годы Институту попечительствовали Императрица Мария Феодоровна, вел. кн. Елена Павловна, Императрица Александра Феодоровна. «Чтобы болящие и плодноносящие могли испросить у Бога благодатной помощи», в проекте Бенуа было предусмотрено строительство крестильни.
После закрытия в 1926 в помещении крестильни была устроена бельевая. Чудом удалось спасти лишь прекрасный витраж с образом Божией Матери «на воздусех» работы В. М. Васнецова (сейчас он находится в алтаре храма Смоленской иконы Божией Матери). В 1992 по инициативе директора Института акад. РАМН Э. К. Эйламазяна и по благословению митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского Иоанна начались работы по восстановлению крестильни. 31 декабря 1992 Владыка Иоанн ее освятил. С мая 1995 возобновились богослужения. Восстановлен интерьер, изготовлена копия витража. Престольный праздник 21 сентября.