На месте Троицкой часовни раньше стояла первая, еще деревянная церковь Смоленской иконы Божией Матери. Затем деревянный храм Архистратига Божия Михаила. После сильного наводнения 1824 года церковь сильно пострадала, и по воле императора Александра I здесь возвели каменную церковь в честь Святой Живоначальной Троицы. Храм разобрали 15 февраля 1932 года.
В 1993 году на месте снесенного храма был установлен памятный камень. Были проведены архивные изыскания и геофизические исследования, позволившие найти фундамент Троицкой церкви и установить часовню в пределах бывшего алтаря.
Троицкая часовня построена в 2001 году по проекту архитектора Сергея Самусенко и освящена 10 августа 2002 года в день Смоленской иконы Божией Матери. Часовню освятил во время крестного хода викарий Санкт-Петербургской епархии, ректор Санкт-Петербургских Духовных академии и семинарии
преосвященнейший Константин, епископ Тихвинский (с 2015 года митрополит Петрозаводский и Карельский).
Ежегодно в день Святой Живоначальной Троицы после Божественной Литургии совершается крестный ход от Смоленского храма до Троицкой часовни с молебном на святом месте.