На территории кладбища ранее существовали деревянный Преображенский храм (построен в 1872 по проекту арх. П. Ю. Сюзора и освящен 19 ноября 1872; закрыт в 1929 и затем разобран) и теплая Казанская церковь (построена в 1902–1905 по проекту арх. В. Демяновского, освящена в 1905, уже после расстрела 9 января 1905; в 1928 закрыта и вскоре снесена). В память о похороненных на нем жертвах расстрела кладбище получило название «Кладбище Памяти жертв 9 января». Единственный сохранившийся храм – бывшая церковь св. блгв. кн. Александра Невского на воинском участке – в 1983 был передан старообрядцам.
Поэтому православной общиной в 2001-2002 в восточной части некрополя, примыкающей к железной дороге, выстроена небольшая деревянная часовня, освященная, в память о старейшем кладбищенском храме, в честь праздника Преображения Господня.